Африка

Природа (2023)Цитировать эту статью

273 Альтметрика

Подробности о метриках

ВИЧ-1 остается глобальным кризисом здравоохранения1, что подчеркивает необходимость определения новых целей для лечения. Здесь, учитывая непропорциональное бремя ВИЧ-1 и заметное разнообразие генома человека в Африке2, мы оценили генетические детерминанты контроля заданной вирусной нагрузки у 3879 человек африканского происхождения, живущих с ВИЧ-1, участвующих в международном сотрудничестве по геномике ВИЧ-1. ВИЧ3. Мы идентифицируем ранее неописанный сигнал ассоциации на хромосоме 1, где пиковый вариант ассоциируется с примерно 0,3 log10-трансформированными копиями на мл более низкой заданной вирусной нагрузки на минорную аллельную копию и специфичен для популяций африканского происхождения. Верхний ассоциированный вариант является межгенным и лежит между длинной межгенной некодирующей РНК (LINC00624) и кодирующим геном CHD1L, который кодирует хеликазу, участвующую в репарации ДНК4. Анализы на инфекцию в макрофагах, полученных из iPS-клеток, и других иммортализованных клеточных линиях показали повышенную репликацию ВИЧ-1 в клетках с нокдауном CHD1L и клетками с нокаутом CHD1L. Мы приводим данные популяционно-генетических исследований о том, что африканская генетическая вариация вблизи CHD1L связана с репликацией ВИЧ in vivo. Хотя экспериментальные исследования показывают, что CHD1L способен ограничивать ВИЧ-инфекцию в некоторых типах клеток in vitro, необходимы дальнейшие исследования, чтобы понять механизмы, лежащие в основе наших наблюдений, включая любые потенциальные косвенные эффекты CHD1L на распространение ВИЧ in vivo, которые наши клеточные анализы не могут выявить. перепросмотр.

Это предварительный просмотр контента подписки, доступ через ваше учреждение.

Доступ к журналу Nature и 54 другим журналам Nature Portfolio.

Приобретите Nature+, нашу выгодную подписку с онлайн-доступом.

29,99 долларов США / 30 дней

отменить в любое время

Подпишитесь на этот журнал

Получите 51 печатный выпуск и онлайн-доступ.

199,00 долларов США в год

всего $3,90 за выпуск

Возьмите напрокат или купите эту статью

Цены варьируются в зависимости от типа статьи

от$1,95

до $39,95

Цены могут зависеть от местных налогов, которые рассчитываются во время оформления заказа.

Доступ к данным генотипирования на индивидуальном уровне ограничен исследователями из учреждений, которые присоединяются к Международному сотрудничеству по геномике ВИЧ (ICGH) путем подписания соглашения о сотрудничестве ICGH, которое можно получить по запросу ([email protected]). Из-за высокой чувствительности диагностики ВИЧ всех участников исследования риск, связанный с потенциальной повторной идентификацией, был сочтен ЭСО очень высоким, что не позволяло более широкому обмену данными на индивидуальном уровне. Сводная статистика GWAS хранится в Каталоге исследований ассоциаций по всему геному человека NHGRI-EBI (https://www.ebi.ac.uk/gwas/home) под номером доступа GCST90269914. Данные РНК-секвенирования доступны в NCBI (PRJEB18581), а результаты eQTL доступны на GitHub (https://github.com/smontgomlab/AFGR).

Данные ЮНЭЙДС 2021 (ЮНЭЙДС, 2021); https://www.unaids.org/en/resources/documents/2021/2021_unaids_data.

Гурдасани Д., Баррозу И., Зеггини Э. и Сандху М.С. Геномика риска заболеваний в различных популяциях во всем мире. Нат. Преподобный Жене. 20, 520–535 (2019).

Статья CAS PubMed Google Scholar

Макларен, П.Дж. и др. Ассоциативное исследование общих генетических вариантов и приобретения ВИЧ-1 у 6300 инфицированных случаев и 7200 контрольных групп. PLoS Патог. 9, е1003515 (2013).

Статья CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Ахель Д. и др. Поли(АДФ-рибоза)-зависимая регуляция репарации ДНК с помощью фермента ремоделирования хроматина ALC1. Наука 325, 1240–1243 (2009).

Статья ADS CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Отчет о пробелах в профилактике (ЮНЭЙДС, 2016 г.).

Меллорс, JW и др. Количественное определение РНК ВИЧ-1 в плазме предсказывает исход после сероконверсии. Анна. Стажер. Мед. 122, 573–579 (1995).